ペット保険は動物病院にかかれば、全てが補償されるわけではありません。人の生命保険や医療保険と同じで、一部対象外になるものもあります。ペット保険の性質そのものは人の医療保険と非常に似ており、病気やけがを治すために必ずしも必要でないものは適用されません。
例えばペットが病気にかかったり怪我をしたりして治療を必要とする場合には、その治療にかかった治療費や手術代、入院費などをペット保険で賄えます。ただし病気の予防のための健康診断や予防接種、妊娠を防止するための去勢や避妊の手術には保険金は支払われません。補償されるのは、あくまで病気やけがの治療に必要とされる場合のみです。
病気やけがの治療のためでも、加入前に発症していたものは対象から外れます。人が生命保険や医療保険に加入するときには告知や診断が必要ですが、ペット保険はそういったものが必要ありません。ただし加入後に発生したものにしか適用されないので、すでにかかっている病気や加入前の怪我の治療には利用できません。
特約で人にけがをさせたり物を壊したりした場合に保険金が支払われる、賠償責任をつけられるペット保険もあります。この特約を付けていない保険は、損害賠償には対応できません。またもともと賠償責任事態を取り扱っていない保険会社もあります。